วัตถุประสงค์ของการจัดตั้งสถาบันคุ้มครองเงินฝาก เป็นไปเพื่อคุ้มครองผู้ฝากเงินในสถาบันการเงินให้ได้รับเงินฝากคืนโดยเร็วภายใต้วงเงินคุ้มครองเงินฝากตามกฎหมาย (วงเงินคุ้มครอง) ในกรณีที่สถาบันการเงินถูกเพิกถอนใบอนุญาต ทั้งนี้ ก็เพื่อป้องกันไม่ให้ผู้ฝากตื่นตระหนก อันจะนำไปสู่การเร่งถอนเงินจากสถาบันการเงินนั้น ๆ ซึ่งเป็นสาเหตุให้เกิดปัญหาขาดความเชื่อมั่นลุกลามต่อเนื่องในลักษณะลูกโซ่ไปสู่สถาบันการเงินอื่นอันอาจส่งผลเสียหายต่อเสถียรภาพของระบบโดยรวม

ดังนั้น การกำหนดระดับวงเงินคุ้มครองที่เหมาะสมถือได้ว่าเป็นปัจจัยสำคัญต่อความเชื่อมั่นของผู้ฝากและบรรเทาปัญหาการตื่นตระหนกแห่ถอนเงิน (Bank Run) และป้องกันไม่ให้สถาบันการเงินขาดสภาพคล่อง จากหลักการสากลของระบบคุ้มครองเงินฝากที่มีประสิทธิผล (Core Principles for Effective Deposit Insurance Systems) ที่ได้จัดทำโดยสมาคมสถาบันประกันเงินฝากระหว่างประเทศ (International Association of Deposit Insurers : IADI) หรือ IADI Core Principles ซึ่งกำหนดหลักการ IADI Core Principles ข้อที่ 8 เรื่อง วงเงินคุ้มครอง (Coverage) ระบุแนวทาง ดังนี้

"ผู้กำหนดนโยบายควรมีการระบุวงเงินและขอบเขตการประกันอย่างชัดเจน โดยกำหนดระดับวงเงินประกันแบบจำกัดจำนวนและครอบคลุมผู้ฝากส่วนใหญ่ในระบบ โดยยังคงเหลือผู้ฝากจำนวนหนึ่งที่อยู่นอกเหนือการประกันเพื่อให้มีการตรวจสอบการดำเนินงานของสถาบันการเงินตามหลักกลไกตลาด (Market Principle) ทั้งนี้ ระดับวงเงินและขอบเขตการประกันควรจะกำหนดให้สอดคล้องกับวัตถุประสงค์เชิงนโยบายและรูปแบบของระบบประกันเงินฝาก"

ตามหลักการข้างต้นนี้ การกำหนดระดับวงเงินคุ้มครองจึงเป็นเรื่องที่สำคัญเป็นอย่างยิ่งต่อความสำเร็จของระบบคุ้มครองเงินฝาก ระดับวงเงินคุ้มครองจึงไม่ควรสูงเกินไปจนแม้แต่ผู้ฝากที่มีเงินจำนวนมากได้รับความคุ้มครองเต็มจำนวน เนื่องจากการให้ความคุ้มครองในลักษณะนี้ แม้จะสร้างความมั่นใจให้กับผู้ฝากได้มาก แต่ขณะเดียวกันก็จะเป็นการสร้างแรงจูงใจให้ผู้ฝากเกิดพฤติกรรมที่ทำให้เกิดความเสี่ยง โดยมุ่งเน้นแต่ผลตอบแทนเป็นอย่างเดียวและไม่คำนึงถึงความเสี่ยง หรือที่เรียกว่า ภาวะภัยทางศีลธรรม (Moral Hazard) ซึ่งจะเป็นการสร้างภาระแก่สถาบันคุ้มครองเงินฝากในการหาเงินมาจ่ายคืนผู้ฝากเมื่อมีการเพิกถอนใบอนุญาตสถาบันการเงินด้วย ด้วยเหตุนี้ IADI จึงได้กำหนดว่า ระดับวงเงินคุ้มครองควรครอบคลุมผู้ฝากเต็มจำนวนควรอยู่ในระดับอัตราร้อยละ 90 – 95 และควรจะอยู่ในระดับที่สูงพอที่จะรักษาผู้ฝากรายใหญ่บางส่วนไม่ให้ตื่นตระหนก แต่ก็ต้องคำนึงถึงการป้องกันผลกระทบอันเกิดจาก Moral Hazard ของผู้ฝากและสถาบันการเงินด้วย

ทั้งนี้ รูปแบบในการกำหนดวงเงินคุ้มครองจำแนกได้ 3 ประเภท ได้แก่

1. วงเงินคุ้มครองแบบไม่จำกัดจำนวน (Blanket Coverage) ซึ่งรวมถึงเจ้าหนี้ของสถาบันการเงินด้วย
2. วงเงินคุ้มครองแบบเต็มจำนวน (Full Coverage)
3. วงเงินคุ้มครองแบบจำกัดจำนวน (Limited Coverage)

วงเงินคุ้มครองเงินฝากทั้ง 3 ประเภท มีข้อดีและข้อเสียต่างกัน และอาจเหมาะสมที่จะนำมาใช้ในสถานการณ์ที่ต่างกัน หากอยู่ในภาวะปกติวงเงินคุ้มครองแบบจำกัดจำนวนมักถูกนำมาใช้มากที่สุด โดยระดับวงเงินคุ้มครองอาจถูกกำหนดตามวัตถุประสงค์เชิงนโยบายของการคุ้มครองเงินฝาก

สำหรับแนวปฏิบัติในการกำหนดวงเงินคุ้มครองที่เหมาะสมตามหลักการ IADI Core Principles ระบุว่า ในการพิจารณาวงเงินคุ้มครองที่เหมาะสม ปัจจัยสำคัญที่ควรคำนึงถึงในการพิจารณากำหนดระดับวงเงินคุ้มครองที่เหมาะสมประกอบด้วย

1. โครงสร้างของระบบสถาบันการเงิน
2. โครงสร้างของเงินฝาก ซึ่งประกอบด้วยจำนวนรายผู้ฝากที่ได้รับความคุ้มครองเต็มจำนวน และจำนวนเงินฝากที่ได้รับความคุ้มครองในระบบ
3. การเคลื่อนไหวของเงินฝาก
4. กองทุนคุ้มครองเงินฝาก (กองทุนฯ)
5. รายได้ประชาชาติต่อหัว (GDP per Capita) และ
6. ปัจจัยทางด้านเศรษฐกิจมหภาค

การพิจารณาวงเงินคุ้มครองจะคำนึงถึงวัตถุประสงค์ 2 เรื่องหลัก คือ การรักษาเสถียรภาพของระบบสถาบันการเงิน และการคุ้มครองผู้ฝากรายย่อย ซึ่งแต่ละวัตถุประสงค์จะใช้ปัจจัยพิจารณาแตกต่างกัน ดังนี้

1. การรักษาเสถียรภาพของระบบสถาบันการเงินโดยเน้นการคุ้มครองผู้ฝากรายใหญ่มากขึ้น จะพิจารณาจากจำนวนเงินฝากที่ได้รับความคุ้มครองในระบบสถาบันการเงิน
2. การคุ้มครองผู้ฝากรายย่อย จะพิจารณาจากจำนวนผู้ฝากที่ได้รับความคุ้มครองเต็มจำนวน

การเลือกปัจจัยเพื่อใช้ในการพิจารณากำหนดวงเงินคุ้มครอง ขึ้นอยู่กับบริบทของประเทศ ระบบการเงิน บทบาทหน้าที่ของสถาบันประกันเงินฝาก รวมถึงดุลยพินิจของผู้กำหนดนโยบายและผู้มีส่วนเกี่ยวข้องที่จะดำเนินการร่วมกัน เพื่อประโยชน์สูงสุดของผู้ฝากในแต่ละประเทศ

ประเทศไทยมีการกำหนดวงเงินคุ้มครองแบบจำกัดจำนวน โดยพระราชบัญญัติสถาบันคุ้มครองเงินฝาก พ.ศ. 2551 ได้กำหนดระดับวงเงินคุ้มครองเงินฝากอยู่ที่ 1 ล้านบาท ต่อรายผู้ฝาก ต่อสถาบันการเงิน อนึ่ง ระบบคุ้มครองเงินฝากไทยอยู่ระหว่างการปรับลดวงเงินคุ้มครองเข้าสู่วงเงินคุ้มครองตามกฎหมายที่ 1 ล้านบาท ในครึ่งแรกของปี 2563 มีการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัส COVID-19 ทั่วโลกที่รุนแรงกว่าที่คาดการณ์ไว้ ทำให้ประเทศไทยต้องดำเนินมาตรการควบคุมการระบาด รวมถึงการปิดเมือง (Lockdown) เป็นระยะเวลา 3 เดือน ส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจไทย เพื่อเป็นการรับมือกับสถานการณ์ดังกล่าว สถาบันคุ้มครองเงินฝาก ซึ่งเป็นหนึ่งในหน่วยงานตาข่ายความมั่นคงทางการเงินของประเทศได้มีมาตรการในการใช้ระบบคุ้มครองเงินฝากเป็นเครื่องมือในการสร้างเสถียรภาพให้แก่ระบบการเงิน และดูแลผู้ฝากในระบบสถาบันการเงินในภาวะวิกฤตดังกล่าว โดยได้ขยายระยะเวลาในการคุ้มครองเงินฝากที่ 5 ล้านบาท จนถึงวันที่ 10 สิงหาคม 2564 จากเดิมที่จะเข้าสู่วงเงินคุ้มครองเงินฝากที่ 1 ล้านบาท ในวันที่ 11 สิงหาคม 2563

ณ สิ้นเดือนมิถุนายน 2563 ผู้ฝากในระบบสถาบันการเงินภายใต้ความคุ้มครองของสถาบันคุ้มครองเงินฝากมีจำนวนทั้งหมด 80.82 ล้านราย และมีผู้ฝากที่ได้รับความคุ้มครองเต็มจำนวนเนื่องจากมีเงินฝากไม่เกิน 5 ล้านบาท จำนวน 80.51 ล้านราย หรือคิดเป็นร้อยละ 99.62 ของผู้ฝากทั้งระบบ ซึ่งถือว่าอยู่ในเกณฑ์ที่สูง ครอบคลุมผู้ฝากส่วนใหญ่ในประเทศ ประชาชนจึงมั่นใจได้ว่าจะได้รับความคุ้มครองภายใต้ระบบคุ้มครองเงินฝาก