ในอดีต ประเทศไทยไม่มีระบบคุ้มครองเงินฝากที่ชัดเจน การดูแลผู้ฝากเงินขึ้นกับนโยบายของภาครัฐในแต่ละสถานการณ์ จวบจนปี 2540 เมื่อเกิดวิกฤติการณ์ทางการเงินขั้นรุนแรง คณะรัฐมนตรีจึงได้ประกาศให้ความคุ้มครองผู้ฝากและเจ้าหนี้เต็มจำนวน โดยกองทุนเพื่อการฟื้นฟูและพัฒนาระบบสถาบันการเงินเป็นผู้รับหน้าที่ดังกล่าว ซึ่งได้ก่อภาระต่อประเทศอย่างมาก รัฐบาลต้องออกพันธบัตรชดเชยความเสียหายอันเป็นการใช้เงินภาษีจำนวนมากมาสนับสนุนภาคการเงิน 

ในปี 2546 ระบบเศรษฐกิจและระบบสถาบันการเงินของประเทศไทยเริ่มฟื้นตัว และมีเสถียรภาพขึ้นเป็นลำดับ ธนาคารแห่งประเทศไทย (ธปท.) จึงได้นำเสนอกระทรวงการคลังว่าตั้งแต่กลางปี 2547 เป็นต้นไป เป็นเวลาที่เหมาะสมในการบังคับใช้ร่างกฎหมายและจัดตั้งสถาบันคุ้มครองเงินฝาก อย่างไรก็ดี กฎหมายดังกล่าวเป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องกับประชาชนผู้ฝากเงินโดยตรง จึงได้มีการพิจารณาบทบัญญัติต่าง ๆ อย่างละเอียดรอบคอบ และในที่สุดร่างพระราชบัญญัติสถาบันคุ้มครองเงินฝากได้ผ่านการพิจารณาของสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2550 และลงประกาศในราชกิจจานุเบกษาวันที่ 13 กุมภาพันธ์ 2551 โดยมีผลใช้บังคับ 180 วัน นับแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษา ซึ่งตรงกับวันที่ 11 สิงหาคม 2551 และถือเป็นวันก่อตั้งสถาบันคุ้มครองเงินฝากอย่างเป็นทางการนั่นเอง

สถาบันคุ้มครองเงินฝาก (สคฝ.) ถูกจัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสถาบันคุ้มครองเงินฝาก พ.ศ. 2551 มีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 11 สิงหาคม 2551 เป็นต้นมา มีหลักการสำคัญในการให้ความคุ้มครองผู้ฝากให้ได้รับเงินคุ้มครองโดยเร็ว โดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ฝากรายย่อยที่เป็นผู้ฝากส่วนใหญ่ในระบบ ที่มีเงินฝากไม่เกินวงเงินคุ้มครอง เพื่อไม่ให้ผู้ฝากได้รับผลกระทบเมื่อสถาบันการเงินที่อยู่ภายใต้กฎหมายว่าด้วยสถาบันคุ้มครองเงินฝากแห่งใดแห่งหนึ่งประสบปัญหาจนถึงขั้นถูกเพิกถอนใบอนุญาต การกำหนดจำนวนวงเงินคุ้มครองไว้อย่างชัดเจนนั้น จะช่วยบรรเทาความตื่นตระหนกของประชาชน โดยผู้ฝากไม่มีความจำเป็นต้องเร่งถอนเงิน โดยเฉพาะหากเกิดเหตุการณ์ข่าวสถาบันการเงินประสบปัญหา เนื่องจากการเร่งถอนเงินออกจากระบบจะยิ่งก่อให้เกิดปัญหาสภาพคล่องของสถาบันการเงินและเกิดปัญหาลุกลามเป็นลูกโซ่